Varsinais-Suomen liitolla on maakuntaohjelman laadinta- ja toteuttamisen koordinointivastuu. Maakuntaohjelma laaditaan aina kerran neljässä vuodessa valtuustokausittain. Maakuntaohjelmaa toteutetaan useiden muiden kansallisten ohjelmien avulla, joita ovat mm. koheesio- ja kilpailukyky-, osaamiskeskus- sekä saaristo-ohjelma.