Varsinais-Suomen liiton hallinto huolehtii viraston hallinto- ja henkilöstöpalveluista, taloudesta, kirjanpidosta, ict-palveluista, asiakirjahallinnosta ja hankinnoista. Hallinnossa valmistellaan ja kootaan maakuntahallituksen ja maakuntavaltuuston kokousten esityslistat ja pöytäkirjat sekä huolehditaan liiton talouteen liittyvistä suunnittelu- ja seurantatehtävistä.