Varsinais-Suomen liiton toiminnassa luottamuselimillä on tärkeä roolinsa ja eri luottamuselimet toimivat yli 200 luottamushenkilön tuella.

Edustajainkokous (pöytäkirja 21.8.2017)
Edustajainkokous valitsee maakuntavaltuuston jäsenet ja heille henkilökohtaiset varajäsenet.

Maakunnan yhteistyöryhmä MYR
Päättää kehittämishankkeiden linjauksista ja rahoituskehyksen jakaantumisesta.

Hankerahoitusjaosto HARA
Valmistelee kehittämishankkeiden rahoitusesityksiä ja ohjaa maakuntaohjelman valmistelua.

Maankäyttöjaosto
Valmistelee maakuntakaavoja ja muuta liiton ympäristösuunnittelua, tekee ehdotuksia näitä asioita koskevista toimenpiteistä ja antaa kaavoitusta, rakentamista ja muita maankäytön suunnittelua ja ympäristökysymyksiä koskevia lausuntoja.

Saaristotoimikunta
Toimii Varsinais-Suomen saaristoalueiden edunvalvojana, ja käsittelee saaristoa koskevia asioita maakuntaohjelmaa täydentävän saaristo-ohjelman mukaisesti.

Kulttuuritoimikunta
Vahvistaa varsinaissuomalaista kulttuuri-identiteettiä ja modernin maakuntahengen kehittymistä.

Kielellisten palvelujen toimikunta
Kehittää yleisellä tasolla maakunnan kielellisiä palveluja.

Tarkastuslautakunta
Tarkistaa toimintavuoden talouden ja hallinnon tehokkuuden sekä työstää arviointikertomuksen ja tilintarkastuskertomuksen.